在南非，無國界醫生應對流行病、非傳染病，並幫助移民獲得醫療護理。
2023年10月，我們與東開普省（Eastern Cape）衞生部合作，在阿瑪托爾（Amathole）開展一個改善識別與管理非傳染病的項目，是無國界醫生在南非的第一個非傳染病項目。 我們的目標是運用在當地防治愛滋病和結核病二十年的經驗，加強鄉郊地區的非傳染病護理。
團隊也支援茨瓦內（Tshwane）沒有合法身份證明文件的人和移民，為這些得不到足夠服務的社區免費提供疫苗接種。
因組織在誇祖魯納塔爾省（KwaZulu Natal）小鎮埃紹韋（Eshowe）的愛滋病/結核病治療項目於2018 年提前達到聯合國愛滋病規劃署（UNIAIDS）制訂的「三個90」的目標，我們其後重整應對方針，改為對抗結核病疫情和減低個案數量。
經過 22 年的應對和倡議工作，我們於 2020 年結束了西開普（ Western Cape）卡雅利沙（Khayelitsha）的愛滋病/結核病項目。
我們也在 2022 年南非水災時展開大型應對工作，同時維持愛滋病/結核病以及移民健康護理的項目。
